Jeune, Khalil Benkirane quitte le Maroc pour les États-Unis où il vit et travaille durant vingt ans. Après des études de cinéma à la San Francisco State University, il dirige Cinemayaat, le festival du film arabe de San Francisco, de 1998 à 2002.

L’année suivante, il retourne au Maroc et réalise un premier long métrage documentaire, Le fil blanc qu’il produit également sur Cheb i Sabbah, un DJ de World Music qui fait voyager la musique traditionnelle marocaine, la rendant contemporaine afin de lui redonner vie auprès d’un nouveau public occidental et oriental.

En 2008, il se rend au Qatar et travaille pour Al Jazeera Children Channel où il produit 76 films documentaires et de fictions. En 2011, Khalil rejoint le Doha Film Institute pour mettre en place le programme de subventions de films qu’il dirige depuis. Khalil a récemment, avec sa société Lycia Productions, coproduit le dernier film de Nouri Bouzid, Les épouvantails dont la première mondiale fut au festival de Venise en 2019 en sélection officielle dans la section Sconfini.

Lycia Productions a également contribué au documentaire Avant le déclin du jour de Ali Essafi qui eut sa première mondiale en mars 2020 au festival de Tanger où il a remporté le grand prix du documentaire, et sa première internationale á IDFA. Khalil présentement prépare Backstage, un long métrage de fiction qu’il produit et coréalise avec Afef Ben Mahmoud.